Skip to main content

Table 4 Selected differentially expressed genes with DMS in adipogenesis, insulin signaling, and fatty acid biosynthesis pathways

From: The epigenetic signature of subcutaneous fat cells is linked to altered expression of genes implicated in lipid metabolism in obese women

  Expression DNA methylation
  Obese Control Obese vs control Adjusted P a Probes Gene_region Obese Control Obese vs control Adjusted P a
  Average SD Average SD     Average SD Average SD  
Adipogenesis               
 KLF15 143 41 253 54 0.57 4.78E−04 cg00540067 5′UTR 0.53 0.09 0.35 0.06 0.18 6.01E−05
        cg27639142 5′UTR 0.33 0.08 0.18 0.06 0.15 1.94E−04
        cg01031983 Body 0.25 0.07 0.13 0.04 0.12 4.85E−05
        cg21468971 Body 0.84 0.06 0.92 0.02 −0.08 2.32E−04
        cg14339848 3′UTR 0.47 0.05 0.37 0.05 0.10 9.90E−04
 KLF5 33 4 45 9 0.73 5.16E−03 cg09338033 1stExon 0.06 0.02 0.04 0.01 0.02 1.89E−04
        cg14281591 Body 0.87 0.06 0.92 0.02 −0.05 6.75E−03
 PLIN2 506 102 408 53 1.24 3.62E−02 cg03885527 Body 0.84 0.04 0.9 0.03 −0.06 4.18E−03
 PPARA 105 13 147 25 0.72 5.54E−04 cg10543624 Body 0.74 0.09 0.86 0.05 −0.12 2.31E−04
 PPARG 1607 142 2096 258 0.77 4.08E−04 cg01412654 TSS1500 0.47 0.08 0.33 0.06 0.14 1.87E−04
        cg18063278 TSS1500 0.28 0.09 0.15 0.05 0.13 7.36E−04
        cg25929976 TSS1500 0.24 0.07 0.13 0.04 0.11 1.21E−04
        cg16827534 5′UTR 0.31 0.13 0.15 0.05 0.16 7.11E−04
        cg16197186 5′UTR 0.91 0.03 0.84 0.05 0.07 2.62E−04
        cg10499651 Body 0.23 0.11 0.09 0.02 0.14 8.70E−05
 PPARGC1A 58 9 96 31 0.61 2.36E−03 cg11270806 TSS1500 0.18 0.09 0.08 0.02 0.10 3.66E−04
        cg27461259 TSS1500 0.35 0.07 0.16 0.04 0.19 5.36E−06
        cg27514608 TSS1500 0.21 0.11 0.08 0.02 0.13 6.43E−05
Insulin signaling
 AKT2 1021 104 1302 205 0.78 3.57E−03 cg14309246 TSS1500 0.23 0.09 0.13 0.03 0.10 5.03E−03
        cg25333225 TSS1500 0.17 0.05 0.11 0.02 0.06 9.61E−04
        cg13351352 Body 0.35 0.12 0.18 0.07 0.17 6.22E−04
        cg15153957 3′UTR 0.14 0.13 0.06 0.02 0.08 4.54E−03
 INSR 192 19 244 42 0.79 6.85E−03 cg00428638 Body 0.29 0.09 0.16 0.08 0.13 3.34E−03
        cg09779027 Body 0.33 0.09 0.16 0.05 0.17 3.99E−05
        cg10148591 Body 0.25 0.08 0.13 0.03 0.12 2.11E−04
        cg23845936 Body 0.63 0.08 0.43 0.08 0.20 4.44E−05
 IRS1 121 24 181 63 0.67 3.46E−02 cg00727310 1stExon 0.35 0.09 0.2 0.04 0.15 1.03E−04
        cg04129548 1stExon 0.39 0.09 0.22 0.07 0.17 1.88E−04
        cg13008631 1stExon 0.36 0.07 0.17 0.06 0.19 1.11E−05
        cg04751089 3′UTR 0.14 0.07 0.04 0.02 0.10 1.20E−05
        cg00305996 3′UTR 0.55 0.13 0.3 0.11 0.25 1.78E−04
 IRS2 115 19 184 28 0.62 2.99E−05 cg25312054 1stExon 0.67 0.09 0.49 0.08 0.18 1.24E−04
        cg03337886 1stExon 0.37 0.07 0.21 0.06 0.16 2.99E−05
        cg10488031 1stExon 0.35 0.03 0.25 0.05 0.10 1.17E−03
        cg05514401 1stExon 0.69 0.09 0.57 0.09 0.12 1.00E−02
        cg01569664 Body 0.49 0.12 0.31 0.08 0.18 6.38E−03
        cg12085119 Body 0.53 0.08 0.34 0.09 0.19 9.22E−05
        cg13539803 Body 0.92 0.03 0.95 0.01 −0.03 2.83E−03
        cg20445402 Body 0.76 0.14 0.44 0.11 0.32 2.45E−05
        cg24526103 Body 0.29 0.14 0.11 0.04 0.18 7.59E−04
        cg25924746 Body 0.39 0.13 0.16 0.06 0.23 3.97E−05
 SGK2 265 46 208 57 1.28 3.45E−02 cg04420889 TSS1500 0.44 0.16 0.2 0.1 0.24 1.11E−03
        cg21685427 TSS1500 0.36 0.08 0.26 0.06 0.10 3.13E−03
        cg06600331 TSS200 0.39 0.07 0.29 0.06 0.10 4.91E−03
        cg06796271 TSS200 0.26 0.11 0.11 0.03 0.15 1.18E−04
 SLC2A4 120 27 304 85 0.39 5.34E−06 cg03670302 3′UTR 0.78 0.06 0.65 0.1 0.13 1.38E−03
Fatty acid biosynthesis
 ACACA 206 38 301 83 0.69 4.23E−03 cg01760189 TSS1500 0.51 0.11 0.31 0.08 0.20 1.83E−04
        cg20778688 TSS1500 0.69 0.09 0.53 0.07 0.16 3.11E−04
        cg07375836 5′UTR 0.19 0.04 0.13 0.06 0.06 8.52E−03
        cg16822666 5′UTR 0.19 0.08 0.08 0.04 0.11 3.98E−04
        cg06026545 Body 0.14 0.07 0.08 0.02 0.06 3.65E−03
        cg07834934 Body 0.65 0.05 0.72 0.05 −0.07 5.96E−03
        cg08013737 Body 0.43 0.1 0.29 0.07 0.14 3.07E−03
        cg15939920 Body 0.87 0.05 0.92 0.02 −0.05 1.48E−03
        cg26100256 Body 0.83 0.05 0.72 0.03 0.11 4.43E−05
 ACACB 1765 158 2720 440 0.65 1.88E−05 cg12178147 TSS1500 0.47 0.13 0.21 0.08 0.26 2.81E−05
        cg23921871 1stExon 0.59 0.09 0.46 0.08 0.13 5.87E−03
        cg06002638 Body 0.49 0.08 0.36 0.05 0.13 8.85E−04
 ACLY 428 66 773 494 0.55 3.41E−02 cg19443920 TSS1500 0.12 0.06 0.06 0.01 0.06 1.50E−03
        cg12641024 5′UTR 0.37 0.16 0.17 0.05 0.20 1.09E−03
        cg14583225 5′UTR 0.34 0.09 0.18 0.06 0.16 8.03E−05
        cg27470486 5′UTR 0.13 0.08 0.06 0.03 0.07 2.61E−03
        cg01761362 Body 0.37 0.16 0.16 0.07 0.21 6.64E−04
 PECR 392 64 597 120 0.66 5.14E−04 cg10881745 Body 0.71 0.09 0.44 0.09 0.27 1.02E−05
  1. aAdjusted P comparing groups in Limma (in DNA methylation analysis adjusting for age)