Skip to main content

Table 4 Selected differentially expressed genes with DMS in adipogenesis, insulin signaling, and fatty acid biosynthesis pathways

From: The epigenetic signature of subcutaneous fat cells is linked to altered expression of genes implicated in lipid metabolism in obese women

 

Expression

DNA methylation

 

Obese

Control

Obese vs control

Adjusted P a

Probes

Gene_region

Obese

Control

Obese vs control

Adjusted P a

 

Average

SD

Average

SD

   

Average

SD

Average

SD

 

Adipogenesis

              

 KLF15

143

41

253

54

0.57

4.78E−04

cg00540067

5′UTR

0.53

0.09

0.35

0.06

0.18

6.01E−05

       

cg27639142

5′UTR

0.33

0.08

0.18

0.06

0.15

1.94E−04

       

cg01031983

Body

0.25

0.07

0.13

0.04

0.12

4.85E−05

       

cg21468971

Body

0.84

0.06

0.92

0.02

−0.08

2.32E−04

       

cg14339848

3′UTR

0.47

0.05

0.37

0.05

0.10

9.90E−04

 KLF5

33

4

45

9

0.73

5.16E−03

cg09338033

1stExon

0.06

0.02

0.04

0.01

0.02

1.89E−04

       

cg14281591

Body

0.87

0.06

0.92

0.02

−0.05

6.75E−03

 PLIN2

506

102

408

53

1.24

3.62E−02

cg03885527

Body

0.84

0.04

0.9

0.03

−0.06

4.18E−03

 PPARA

105

13

147

25

0.72

5.54E−04

cg10543624

Body

0.74

0.09

0.86

0.05

−0.12

2.31E−04

 PPARG

1607

142

2096

258

0.77

4.08E−04

cg01412654

TSS1500

0.47

0.08

0.33

0.06

0.14

1.87E−04

       

cg18063278

TSS1500

0.28

0.09

0.15

0.05

0.13

7.36E−04

       

cg25929976

TSS1500

0.24

0.07

0.13

0.04

0.11

1.21E−04

       

cg16827534

5′UTR

0.31

0.13

0.15

0.05

0.16

7.11E−04

       

cg16197186

5′UTR

0.91

0.03

0.84

0.05

0.07

2.62E−04

       

cg10499651

Body

0.23

0.11

0.09

0.02

0.14

8.70E−05

 PPARGC1A

58

9

96

31

0.61

2.36E−03

cg11270806

TSS1500

0.18

0.09

0.08

0.02

0.10

3.66E−04

       

cg27461259

TSS1500

0.35

0.07

0.16

0.04

0.19

5.36E−06

       

cg27514608

TSS1500

0.21

0.11

0.08

0.02

0.13

6.43E−05

Insulin signaling

 AKT2

1021

104

1302

205

0.78

3.57E−03

cg14309246

TSS1500

0.23

0.09

0.13

0.03

0.10

5.03E−03

       

cg25333225

TSS1500

0.17

0.05

0.11

0.02

0.06

9.61E−04

       

cg13351352

Body

0.35

0.12

0.18

0.07

0.17

6.22E−04

       

cg15153957

3′UTR

0.14

0.13

0.06

0.02

0.08

4.54E−03

 INSR

192

19

244

42

0.79

6.85E−03

cg00428638

Body

0.29

0.09

0.16

0.08

0.13

3.34E−03

       

cg09779027

Body

0.33

0.09

0.16

0.05

0.17

3.99E−05

       

cg10148591

Body

0.25

0.08

0.13

0.03

0.12

2.11E−04

       

cg23845936

Body

0.63

0.08

0.43

0.08

0.20

4.44E−05

 IRS1

121

24

181

63

0.67

3.46E−02

cg00727310

1stExon

0.35

0.09

0.2

0.04

0.15

1.03E−04

       

cg04129548

1stExon

0.39

0.09

0.22

0.07

0.17

1.88E−04

       

cg13008631

1stExon

0.36

0.07

0.17

0.06

0.19

1.11E−05

       

cg04751089

3′UTR

0.14

0.07

0.04

0.02

0.10

1.20E−05

       

cg00305996

3′UTR

0.55

0.13

0.3

0.11

0.25

1.78E−04

 IRS2

115

19

184

28

0.62

2.99E−05

cg25312054

1stExon

0.67

0.09

0.49

0.08

0.18

1.24E−04

       

cg03337886

1stExon

0.37

0.07

0.21

0.06

0.16

2.99E−05

       

cg10488031

1stExon

0.35

0.03

0.25

0.05

0.10

1.17E−03

       

cg05514401

1stExon

0.69

0.09

0.57

0.09

0.12

1.00E−02

       

cg01569664

Body

0.49

0.12

0.31

0.08

0.18

6.38E−03

       

cg12085119

Body

0.53

0.08

0.34

0.09

0.19

9.22E−05

       

cg13539803

Body

0.92

0.03

0.95

0.01

−0.03

2.83E−03

       

cg20445402

Body

0.76

0.14

0.44

0.11

0.32

2.45E−05

       

cg24526103

Body

0.29

0.14

0.11

0.04

0.18

7.59E−04

       

cg25924746

Body

0.39

0.13

0.16

0.06

0.23

3.97E−05

 SGK2

265

46

208

57

1.28

3.45E−02

cg04420889

TSS1500

0.44

0.16

0.2

0.1

0.24

1.11E−03

       

cg21685427

TSS1500

0.36

0.08

0.26

0.06

0.10

3.13E−03

       

cg06600331

TSS200

0.39

0.07

0.29

0.06

0.10

4.91E−03

       

cg06796271

TSS200

0.26

0.11

0.11

0.03

0.15

1.18E−04

 SLC2A4

120

27

304

85

0.39

5.34E−06

cg03670302

3′UTR

0.78

0.06

0.65

0.1

0.13

1.38E−03

Fatty acid biosynthesis

 ACACA

206

38

301

83

0.69

4.23E−03

cg01760189

TSS1500

0.51

0.11

0.31

0.08

0.20

1.83E−04

       

cg20778688

TSS1500

0.69

0.09

0.53

0.07

0.16

3.11E−04

       

cg07375836

5′UTR

0.19

0.04

0.13

0.06

0.06

8.52E−03

       

cg16822666

5′UTR

0.19

0.08

0.08

0.04

0.11

3.98E−04

       

cg06026545

Body

0.14

0.07

0.08

0.02

0.06

3.65E−03

       

cg07834934

Body

0.65

0.05

0.72

0.05

−0.07

5.96E−03

       

cg08013737

Body

0.43

0.1

0.29

0.07

0.14

3.07E−03

       

cg15939920

Body

0.87

0.05

0.92

0.02

−0.05

1.48E−03

       

cg26100256

Body

0.83

0.05

0.72

0.03

0.11

4.43E−05

 ACACB

1765

158

2720

440

0.65

1.88E−05

cg12178147

TSS1500

0.47

0.13

0.21

0.08

0.26

2.81E−05

       

cg23921871

1stExon

0.59

0.09

0.46

0.08

0.13

5.87E−03

       

cg06002638

Body

0.49

0.08

0.36

0.05

0.13

8.85E−04

 ACLY

428

66

773

494

0.55

3.41E−02

cg19443920

TSS1500

0.12

0.06

0.06

0.01

0.06

1.50E−03

       

cg12641024

5′UTR

0.37

0.16

0.17

0.05

0.20

1.09E−03

       

cg14583225

5′UTR

0.34

0.09

0.18

0.06

0.16

8.03E−05

       

cg27470486

5′UTR

0.13

0.08

0.06

0.03

0.07

2.61E−03

       

cg01761362

Body

0.37

0.16

0.16

0.07

0.21

6.64E−04

 PECR

392

64

597

120

0.66

5.14E−04

cg10881745

Body

0.71

0.09

0.44

0.09

0.27

1.02E−05

  1. aAdjusted P comparing groups in Limma (in DNA methylation analysis adjusting for age)