Table 2 PM20D1 mQTL region genes and SNPs and their RNA expression correlations from GTEX and LIBD databases and our own cohort
From: Comprehensive analysis of PM20D1 QTL in Alzheimer’s disease
rs1172198 | rs708727 | |||||||||||
GTEX Hip | GTEX CB | GTEX TN | LIBD PFC | LIBD Hip | FCX | GTEX Hip | GTEX CB | GTEX TN | LIBD PFC | LIBD Hip | FCX | |
NUCKS1 | n.s. | n.s. | 3.30E−12 | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | 1.80E−05 | 1.00E−11 | n.s. | n.s. | n.s. |
RAB7L1 | n.s. | 4.00E−08 | 1.50E−12 | n.s. | 5.20E−06 | n.s. | n.s. | 8.20E−07 | 7.80E−13 | n.s. | 4.40E−03 | n.s. |
SLC41A1 | n.s. | 3.60E−06 | 5.00E−08 | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | 2.00E−06 | 3.20E−10 | n.s. | n.s. | n.s. |
PM20D1 | 1.40E−07 | n.s. | 1.90E−36 | 2.04E−7 | 1.34E−03 | 0.0185 | 2.40E−13 | n.s. | 1.60E−66 | 4.73E−14 | 3.83E−07 | 2.83E−07 |
rs823082 | rs823088 | |||||||||||
GTEX Hip | GTEX CB | GTEX TN | LIBD PFC | LIBD Hip | FCX | GTEX Hip | GTEX CB | GTEX TN | LIBD PFC | LIBD Hip | FCX | |
NUCKS1 | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. |
RAB7L1 | n.s. | n.s. | 4.30E−10 | 3.37E−04 | 6.71E−07 | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | 8.25E−04 | 2.75E−05 | n.s. |
SLC41A1 | n.s. | n.s. | 7.40E−09 | 5.55E−03 | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | 4.32E−04 | n.s. | n.s. |
PM20D1 | 3.20E−09 | n.s. | 1.40E−29 | 9.97E−06 | 0.02515 | 3.10E−4 | n.s. | n.s. | 3.20E−16 | 0.00279 | n.s. | 4.94E−04 |
rs1361754 | rs960603 | |||||||||||
GTEX Hip | GTEX CB | GTEX TN | LIBD PFC | LIBD Hip | FCX | GTEX Hip | GTEX CB | GTEX TN | LIBD PFC | LIBD Hip | FCX | |
NUCKS1 | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | 7.60E−06 | n.s. | n.s. | n.s. |
RAB7L1 | n.s. | n.s. | 4.30E−10 | 2.61E−04 | 1.12E−06 | n.s. | n.s. | n.s. | 4.60E−06 | n.s. | 1.53E−03 | n.s. |
SLC41A1 | n.s. | n.s. | 7.40E−09 | n.s. | n.s. | 0.0477 | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. |
PM20D1 | 3.20E−09 | n.s. | 1.40E−29 | 2.18E−05 | 0.02887 | 4.85E−06 | n.s. | n.s. | 3.00E−29 | 6.25E−06 | 4.80E−05 | 0.0367 |