ZMYND10, an epigenetically regulated tumor suppressor, exerts tumor-suppressive functions via miR145-5p/NEDD9 axis in breast cancer

Table 3 List of PCR primers used in this study

PCR	Primer	Sequence (5′–3′)	Product size (bp)	PCR cycles	Annealing temperature (°C)
RT-PCR	ZMYND10F	CTCGATATGGGAGACCTG	A.1.1.1.1.1.1.1. 327bp	A.1.1.1.1.1.1.2. 32	A.1.1.1.1.1.1.3. 55
	ZMYND10R	CACCACCATGTAGATGGG	A.1.1.1.1.1.1.1. 327bp
	NEDD9F	GCTGGATGGATGACTACGAT	A.1.1.1.1.1.1.4. 145bp
	NEDD9R	AACAGCTGGAACTGGCTCAG	A.1.1.1.1.1.1.4. 145bp
	GAPDHF	GGAGTCAACGGATTTGGT	A.1.1.1.1.1.1.5. 206bp	A.1.1.1.1.1.1.6. 23
	GAPDHR	GTGATGGGATTTCCATTGAT	A.1.1.1.1.1.1.5. 206bp	A.1.1.1.1.1.1.6. 23
qRT-PCR	ZMYND10F	CTAACTGAAACCCAGCCTCCTA	A.1.1.1.1.1.1.7. 100bp		A.1.1.1.1.1.1.8. 60
	ZMYND10R	TTGCCTGCCACTTGCCTC	A.1.1.1.1.1.1.7. 100bp
	miR-145-5pF	CTGATGGTGGAGAGCTCACA
	MiR-145-5pR	GTGCAGGGTCCGAGGT
	MiR-145-5pRT	GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGACAGGGAT
	U6F	CTCGCTTCGGCAGCACA
	U6R	AACGCTTCACGAATTTGCGT
	U6RT	AACGCTTCACGAATTTGCGT
	GAPDHF	CCAGCAAGAGCACAAGAGGAA	114bp
	GAPDHR	CAAGGGGTCTACATGGCAACT	114bp
MSP	ZMYND10m1	GGTTGTTGTTTAGGATTCGTC	A.1.1.1.1.1.1.9. 178bp	A.1.1.1.1.1.1.10. 40	A.1.1.1.1.1.1.11. 60
	ZMYND10m2	AACAATAACTCCGAAACTCCG	A.1.1.1.1.1.1.9. 178bp	A.1.1.1.1.1.1.10. 40	A.1.1.1.1.1.1.11. 60
	ZMYND10u1	TGGTTGTTGTTTAGGATTTGTT	A.1.1.1.1.1.1.12. 181bp	A.1.1.1.1.1.1.13. 40	A.1.1.1.1.1.1.14. 58
	ZMYND10u2	AAACAATAACTCCAAAACTCC A	A.1.1.1.1.1.1.12. 181bp	A.1.1.1.1.1.1.13. 40	A.1.1.1.1.1.1.14. 58
BGS	ZMYND10BGS1	GGGTAGGTTAAGATGTTATAGT	A.1.1.1.1.1.1.15. 454bp	A.1.1.1.1.1.1.16. 40	A.1.1.1.1.1.1.17. 60
BGS	ZMYND10BGS2	AACAACAACAATTCCAAATCTC	A.1.1.1.1.1.1.15. 454bp	A.1.1.1.1.1.1.16. 40	A.1.1.1.1.1.1.17. 60

Note: RT-PCR semiquantitative reverse transcription PCR, qPCR quantitative real-time PCR, MSP methylation-specific PCR, BGS Bisulfite genomic sequencing

ISSN: 1868-7083