Table 2 Results of the principal component analysis (PCA) performed at non-normalized and non-centered data, as suggested by the results of the PC-corr analysis [50]. Component loadings of the methylation at CpG sites are shown for PCs with eigenvalues greater than 1. Most of the variance, however, was explained already by the first principal component, PC1

Eigenvalue

25066.74

38.56

12.78

8.35

5.67

4.97

4.45

3.5

3.24

2.38

2.13

Explained variance

0.9966

0.00153

0.00051

0.00033

0.00023

0.0002

0.00018

0.00014

0.00013

0.00009

0.00008

Cumulative variance explained

0.9966

0.99808

0.99859

0.99892

0.99914

0.9993

0.99952

0.99966

0.99979

0.99988

0.99997

OPRM1 CpG site−60

− 0.05

− 0.32

0.21

0.1

− 0.43

− 0.05

− 0.11

0.07

− 0.58

− 0.53

0.11

OPRM1 CpG site−50

− 0.03

− 0.3

− 0.03

− 0.2

− 0.36

0.41

0.2

− 0.46

0.36

− 0.18

− 0.41

OPRM1 CpG site−32

− 0.07

− 0.52

0.09

0.22

− 0.25

− 0.58

− 0.06

− 0.16

0.29

0.37

0.15

OPRM1 CpG site−25

− 0.07

− 0.43

− 0.04

0.26

0.19

0.26

0.3

0.64

0.32

− 0.19

0.09

OPRM1 CpG site−18

− 0.05

− 0.36

0.03

− 0.13

0.51

− 0.22

− 0.26

0.03

− 0.19

− 0.05

− 0.65

OPRM1 CpG site−14

− 0.04

− 0.37

− 0.05

− 0.29

0.45

0.21

− 0.13

− 0.38

− 0.05

− 0.09

0.59

TLR4 CpG site−75

− 0.02

− 0.12

0.06

− 0.01

0

0.22

0.05

0.01

− 0.21

0.39

− 0.01

TLR4 CpG site−67

− 0.02

− 0.12

0.09

0.02

− 0.07

0.26

0.01

0.07

− 0.21

0.37

− 0.02

TLR4 CpG site−58

− 0.02

− 0.1

0.08

− 0.01

− 0.08

0.2

0.05

0.09

− 0.22

0.3

− 0.08

TLR4 CpG site−51

− 0.02

− 0.11

0.08

− 0.01

− 0.08

0.22

0.03

0.06

− 0.23

0.34

− 0.01

LINE1 CpG site−605

− 0.53

0.17

0.8

− 0.07

0.12

0.02

0.05

− 0.03

0.16

− 0.04

0.02

LINE1 CpG site−593

− 0.5

− 0.01

− 0.32

− 0.55

− 0.27

− 0.02

− 0.35

0.35

0.12

0.06

0.06

LINE1 CpG site−590

− 0.49

0.08

− 0.28

0.65

0.06

0.25

− 0.37

− 0.22

0

− 0.02

− 0.05

LINE1 CpG site−583

− 0.46

0.01

− 0.31

− 0.04

0.1

− 0.26

0.71

− 0.14

− 0.3

0

− 0.02