Region-specific glucocorticoid receptor promoter methylation has both positive and negative prognostic value in patients with estrogen receptor-positive breast cancer

Table 2 Primers for GR bisulfite sequencing

Primer	Primer sequence (5′ to 3′)	NR3C1 target region [27]	# Interrogated CpGs	Amplicon size (bp)
A	Fwd: ACACTGACGACATGGTTCTACAGGAGGGTGGGTTTTGTTTTGTAAT	− 3664 to − 3471	17	193
A	Rev: TACGGTAGCAGAGACTTGGTCTACCTAACACRCCCTCTAAAAAAAC	− 3664 to − 3471	17	193
C	Fwd: ACACTGACGACATGGTTCTACATTTTTTATTTTGYGAGTTYGTGTTTGT	− 2754 to − 2633	9	121
C	Rev: TACGGTAGCAGAGACTTGGTCTCCCRATCCCAACTACTTCRACC	− 2754 to − 2633	9	121
D	Fwd: ACACTGACGACATGGTTCTACAGGGTGGAAGGAGAYGTYGTAGT	− 2682 to − 2532	16	150
D	Rev: TACGGTAGCAGAGACTTGGTCTAAACCCCTATTTAAAAAAATCTCCCA	− 2682 to − 2532	16	150
F	Fwd: ACACTGACGACATGGTTCTACAATTTTTATTAGTTTYGGGGAGTGGG	− 2275 to − 2125	11	150
F	Rev: TACGGTAGCAGAGACTTGGTCTCCRAAATCAAATTCCTCCCCCTC	− 2275 to − 2125	11	150
L	Fwd: ACACTGACGACATGGTTCTACATTTTYGAAGTGATATATTTTAYGTAATT	− 3410 to − 3251	17	159
L	Rev: TACGGTAGCAGAGACTTGGTCTRAAAACTCRCTCTACCCCTTAAC	− 3410 to − 3251	17	159
P	Fwd: ACACTGACGACATGGTTCTACAGAAYGTGATAGGGTGAGTAAYGTA	− 4062 to − 3910	7	152
P	Rev: TACGGTAGCAGAGACTTGGTCTAATTACTAACRAAATATAACCCCCCT	− 4062 to − 3910	7	152
T	Fwd: ACACTGACGACATGGTTCTACATGAGAATTAAGGAAGGAYGGTTTAG	− 4684 to − 4535	12	149
T	Rev: TACGGTAGCAGAGACTTGGTCTAACATCTTAAAAACRATTAAAAAAACRC	− 4684 to − 4535	12	149
U	Fwd: ACACTGACGACATGGTTCTACAGTTAAGTTGTTTATTTYGGTTGYGG	− 2440 to − 2304	13	136
U	Rev: TACGGTAGCAGAGACTTGGTCTTATCTCCRATCCCAACRACACCT	− 2440 to − 2304	13	136
W	Fwd: ACACTGACGACATGGTTCTACAGTAGGGGGAGTYGTYGTTAGTTT	− 4531 to − 4381	10	150
W	Rev: TACGGTAGCAGAGACTTGGTCTAAATAACTTTTACRCCCCCACAAATA	− 4531 to − 4381	10	150

Underlined sequences indicate consensus sequences (CS1/CS2) for the addition of sequencing adapters

ISSN: 1868-7083