TY - CHAP PY - 2018 DA - 2018// TI - World Health Organization BT - Global Health Observatory PB - World Health Organization CY - Geneva ID - ref1 ER - TY - JOUR AU - Fearon, E. r. i. c. R. AU - Vogelstein, B. e. r. t. PY - 1990 DA - 1990// TI - A genetic model for colorectal tumorigenesis JO - Cell VL - 61 UR - https://doi.org/10.1016/0092-8674(90)90186-I DO - 10.1016/0092-8674(90)90186-I ID - Fearon1990 ER - TY - STD TI - Cerami E, Gao J, Dogrusoz U, Gross BE, Sumer SO, Aksoy BA, et al. The cBio cancer genomics portal: an open platform for exploring multidimensional cancer genomics data. Cancer Discov. 2012;2. ID - ref3 ER - TY - JOUR AU - Gao, J. AU - Aksoy, B. A. AU - Dogrusoz, U. AU - Dresdner, G. AU - Gross, B. AU - Sumer, S. O. AU - Sun, Y. AU - Jacobsen, A. AU - Sinha, R. AU - Larsson, E. AU - Cerami, E. AU - Sander, C. AU - Schultz, N. PY - 2013 DA - 2013// TI - Integrative Analysis of Complex Cancer Genomics and Clinical Profiles Using the cBioPortal JO - Science Signaling VL - 6 UR - https://doi.org/10.1126/scisignal.2004088 DO - 10.1126/scisignal.2004088 ID - Gao2013 ER - TY - STD TI - Karnoub AE, Weinberg RA. Ras oncogenes: split personalities. Nat Rev Mol Cell Biol. 2008;9. ID - ref5 ER - TY - JOUR AU - Whitmarsh, A. J. AU - Davis, R. J. PY - 1996 DA - 1996// TI - Transcription factor AP-1 regulation by mitogen-activated protein kinase signal transduction pathways JO - Journal of Molecular Medicine VL - 74 UR - https://doi.org/10.1007/s001090050063 DO - 10.1007/s001090050063 ID - Whitmarsh1996 ER - TY - JOUR AU - Whitmarsh, A. l. a. n. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Regulation of gene transcription by mitogen-activated protein kinase signaling pathways JO - Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Cell Research VL - 1773 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbamcr.2006.11.011 DO - 10.1016/j.bbamcr.2006.11.011 ID - Whitmarsh2007 ER - TY - STD TI - Nie Z, Xue Y, Yang D, Zhou S, Deroo BJ, Archer TK, et al. A specificity and targeting subunit of a human SWI/SNF family-related chromatin-remodeling complex. Mol Cell Biol 2000; 20. ID - ref8 ER - TY - JOUR AU - Dallas, P. e. t. e. r. B. AU - Cheney, I. a. n. W. a. y. n. e. AU - Liao, D. a. -. W. e. i. AU - Bowrin, V. a. l. e. r. i. e. AU - Byam, W. h. i. t. n. e. y. AU - Pacchione, S. t. e. p. h. e. n. AU - Kobayashi, R. y. u. j. i. AU - Yaciuk, P. e. t. e. r. AU - Moran, E. l. i. z. a. b. e. t. h. PY - 1998 DA - 1998// TI - p300/CREB Binding Protein-Related Protein p270 Is a Component of Mammalian SWI/SNF Complexes JO - Molecular and Cellular Biology VL - 18 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.18.6.3596 DO - 10.1128/MCB.18.6.3596 ID - Dallas1998 ER - TY - JOUR AU - Kwon, H. y. o. c. k. m. a. n. AU - Imbalzano, A. n. t. h. o. n. y. N. AU - Khavari, P. a. u. l. A. AU - Kingston, R. o. b. e. r. t. E. AU - Green, M. i. c. h. a. e. l. R. PY - 1994 DA - 1994// TI - Nucleosome disruption and enhancement of activator binding by a human SW1/SNF complex JO - Nature VL - 370 UR - https://doi.org/10.1038/370477a0 DO - 10.1038/370477a0 ID - Kwon1994 ER - TY - JOUR AU - Imbalzano, A. n. t. h. o. n. y. N. AU - Kwon, H. y. o. c. k. m. a. n. AU - Green, M. i. c. h. a. e. l. R. AU - Kingston, R. o. b. e. r. t. E. PY - 1994 DA - 1994// TI - Facilitated binding of TATA-binding protein to nucleosomal DNA JO - Nature VL - 370 UR - https://doi.org/10.1038/370481a0 DO - 10.1038/370481a0 ID - Imbalzano1994 ER - TY - JOUR AU - Phelan, M. i. c. h. a. e. l. L. AU - Sif, S. a. ï. d. AU - Narlikar, G. e. e. t. a. J. AU - Kingston, R. o. b. e. r. t. E. PY - 1999 DA - 1999// TI - Reconstitution of a Core Chromatin Remodeling Complex from SWI/SNF Subunits JO - Molecular Cell VL - 3 UR - https://doi.org/10.1016/S1097-2765(00)80315-9 DO - 10.1016/S1097-2765(00)80315-9 ID - Phelan1999 ER - TY - JOUR AU - Chi, T. i. a. n. H. AU - Wan, M. i. m. i. AU - Zhao, K. e. j. i. AU - Taniuchi, I. c. h. i. r. o. AU - Chen, L. e. i. AU - Littman, D. a. n. R. AU - Crabtree, G. e. r. a. l. d. R. PY - 2002 DA - 2002// TI - Reciprocal regulation of CD4/CD8 expression by SWI/SNF-like BAF complexes JO - Nature VL - 418 UR - https://doi.org/10.1038/nature00876 DO - 10.1038/nature00876 ID - Chi2002 ER - TY - JOUR AU - Wang, X. i. AU - Werneck, M. i. r. i. a. m. B. F. AU - Wilson, B. o. r. i. s. G. AU - Kim, H. y. e. -. J. u. n. g. AU - Kluk, M. i. c. h. a. e. l. J. AU - Thom, C. h. r. i. s. t. o. p. h. e. r. S. AU - Wischhusen, J. o. n. a. t. h. a. n. W. AU - Evans, J. u. l. i. a. A. AU - Jesneck, J. o. n. a. t. h. a. n. L. AU - Nguyen, P. h. u. o. n. g. AU - Sansam, C. o. u. r. t. n. e. y. G. AU - Cantor, H. a. r. v. e. y. AU - Roberts, C. h. a. r. l. e. s. W. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - TCR-dependent transformation of mature memory phenotype T cells in mice JO - Journal of Clinical Investigation VL - 121 UR - https://doi.org/10.1172/JCI37210 DO - 10.1172/JCI37210 ID - Wang2011 ER - TY - STD TI - Gresh L, Bourachot B, Reimann A, Guigas B, Fiette L, Garbay S, et al. The SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5 is essential for hepatocyte differentiation. EMBO J. 2005;24. ID - ref15 ER - TY - STD TI - Gao X, Tate P, Hu P, Tjian R, Skarnes WC, Wang Z. ES cell pluripotency and germ-layer formation require the SWI/SNF chromatin remodeling component BAF250a. Proc Natl Acad Sci USA. 2008;105. ID - ref16 ER - TY - JOUR AU - Ho, L. AU - Jothi, R. AU - Ronan, J. L. AU - Cui, K. AU - Zhao, K. AU - Crabtree, G. R. PY - 2009 DA - 2009// TI - An embryonic stem cell chromatin remodeling complex, esBAF, is an essential component of the core pluripotency transcriptional network JO - Proceedings of the National Academy of Sciences VL - 106 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0812888106 DO - 10.1073/pnas.0812888106 ID - Ho2009 ER - TY - JOUR AU - Kadoch, C. i. g. a. l. l. AU - Hargreaves, D. i. a. n. a. C. AU - Hodges, C. o. u. r. t. n. e. y. AU - Elias, L. a. u. r. a. AU - Ho, L. e. n. a. AU - Ranish, J. e. f. f. AU - Crabtree, G. e. r. a. l. d. R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Proteomic and bioinformatic analysis of mammalian SWI/SNF complexes identifies extensive roles in human malignancy JO - Nature Genetics VL - 45 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2628 DO - 10.1038/ng.2628 ID - Kadoch2013 ER - TY - JOUR AU - Shain, A. H. u. n. t. e. r. AU - Pollack, J. o. n. a. t. h. a. n. R. PY - 2013 DA - 2013// TI - The Spectrum of SWI/SNF Mutations, Ubiquitous in Human Cancers JO - PLoS ONE VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0055119 DO - 10.1371/journal.pone.0055119 ID - Shain2013 ER - TY - JOUR AU - Guan, B. AU - Wang, T. -. L. AU - Shih, I. -. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - ARID1A, a Factor That Promotes Formation of SWI/SNF-Mediated Chromatin Remodeling, Is a Tumor Suppressor in Gynecologic Cancers JO - Cancer Research VL - 71 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-11-1562 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-11-1562 ID - Guan2011 ER - TY - STD TI - Mathur R, Alver BH, San Roman AK, Wilson BG, Wang X, Agoston AT, et al. ARID1A loss impairs enhancer-mediated gene regulation and drives colon cancer in mice. Nat Genet. 2017;49. ID - ref21 ER - TY - STD TI - Chandler RL, Damrauer JS, Raab JR, Schisler JC, Wilkerson MD, Didion JP, et al. Coexistent ARID1A-PIK3CA mutations promote ovarian clear-cell tumorigenesis through pro-tumorigenic inflammatory cytokine signalling. Nat Commun. 2015;6. ID - ref22 ER - TY - STD TI - Livshits G, Alonso-curbelo D, Iv JPM, Koche R, Saborowski M, Wilkinson JE, et al. Arid1a restrains Kras-dependent changes in acinar cell identity. eLife. 2018;7. ID - ref23 ER - TY - JOUR AU - Huang, J. i. a. n. m. i. n. AU - Zhao, Y. a. n. -. L. i. n. g. AU - Li, Y. u. AU - Fletcher, J. o. n. a. t. h. a. n. A. AU - Xiao, S. h. e. n. g. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genomic and functional evidence for anARID1A tumor suppressor role JO - Genes, Chromosomes and Cancer VL - 46 UR - https://doi.org/10.1002/gcc.20459 DO - 10.1002/gcc.20459 ID - Huang2007 ER - TY - JOUR AU - Lowery, W. i. l. l. i. a. m. J. AU - Schildkraut, J. o. e. l. l. e. n. M. AU - Akushevich, L. i. u. d. m. i. l. a. AU - Bentley, R. e. x. AU - Marks, J. e. f. f. r. e. y. R. AU - Huntsman, D. a. v. i. d. AU - Berchuck, A. n. d. r. e. w. PY - 2012 DA - 2012// TI - Loss of ARID1A-Associated Protein Expression is a Frequent Event in Clear Cell and Endometrioid Ovarian Cancers JO - International Journal of Gynecologic Cancer VL - 22 UR - https://doi.org/10.1097/IGC.0b013e318231f140 DO - 10.1097/IGC.0b013e318231f140 ID - Lowery2012 ER - TY - JOUR AU - Shen, J. AU - Peng, Y. AU - Wei, L. AU - Zhang, W. AU - Yang, L. AU - Lan, L. AU - Kapoor, P. AU - Ju, Z. AU - Mo, Q. AU - Shih, I. -. M. AU - Uray, I. P. AU - Wu, X. AU - Brown, P. H. AU - Shen, X. AU - Mills, G. B. AU - Peng, G. PY - 2015 DA - 2015// TI - ARID1A Deficiency Impairs the DNA Damage Checkpoint and Sensitizes Cells to PARP Inhibitors JO - Cancer Discovery VL - 5 UR - https://doi.org/10.1158/2159-8290.CD-14-0849 DO - 10.1158/2159-8290.CD-14-0849 ID - Shen2015 ER - TY - STD TI - Wang X, Lee RS, Alver BH, Haswell JR, Wang S, Mieczkowski J, et al. SMARCB1-mediated SWI/SNF complex function is essential for enhancer regulation. Nat Genet. 2017;49. ID - ref27 ER - TY - JOUR AU - Vierbuchen, T. h. o. m. a. s. AU - Ling, E. m. i. AU - Cowley, C. h. r. i. s. t. o. p. h. e. r. J. AU - Couch, C. a. m. e. r. o. n. H. AU - Wang, X. i. a. o. f. e. n. g. AU - Harmin, D. a. v. i. d. A. AU - Roberts, C. h. a. r. l. e. s. W. M. AU - Greenberg, M. i. c. h. a. e. l. E. PY - 2017 DA - 2017// TI - AP-1 Transcription Factors and the BAF Complex Mediate Signal-Dependent Enhancer Selection JO - Molecular Cell VL - 68 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2017.11.026 DO - 10.1016/j.molcel.2017.11.026 ID - Vierbuchen2017 ER - TY - JOUR AU - Lakshminarasimhan, R. a. n. j. a. n. i. AU - Andreu-Vieyra, C. l. a. u. d. i. a. AU - Lawrenson, K. a. t. e. AU - Duymich, C. h. r. i. s. t. o. p. h. e. r. E. AU - Gayther, S. i. m. o. n. A. AU - Liang, G. a. n. g. n. i. n. g. AU - Jones, P. e. t. e. r. A. PY - 2017 DA - 2017// TI - Down-regulation of ARID1A is sufficient to initiate neoplastic transformation along with epigenetic reprogramming in non-tumorigenic endometriotic cells JO - Cancer Letters VL - 401 UR - https://doi.org/10.1016/j.canlet.2017.04.040 DO - 10.1016/j.canlet.2017.04.040 ID - Lakshminarasimhan2017 ER - TY - JOUR AU - Hu, G. AU - Schones, D. E. AU - Cui, K. AU - Ybarra, R. AU - Northrup, D. AU - Tang, Q. AU - Gattinoni, L. AU - Restifo, N. P. AU - Huang, S. AU - Zhao, K. PY - 2011 DA - 2011// TI - Regulation of nucleosome landscape and transcription factor targeting at tissue-specific enhancers by BRG1 JO - Genome Research VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gr.121145.111 DO - 10.1101/gr.121145.111 ID - Hu2011 ER - TY - STD TI - Yu Y, Chen Y, Kim B, Wang H, Zhao C, He X, et al. Olig2 targets chromatin remodelers to enhancers to initiate oligodendrocyte differentiation. Cell Inc. 2012:152. ID - ref31 ER - TY - STD TI - Alver BH, Kim KH, Lu P, Wang X, Manchester HE, Wang W, et al. The SWI/SNF chromatin remodelling complex is required for maintenance of lineage specific enhancers. Nat Commun. 2017;8. ID - ref32 ER - TY - JOUR AU - Heinz, S. v. e. n. AU - Romanoski, C. a. s. e. y. E. AU - Benner, C. h. r. i. s. t. o. p. h. e. r. AU - Glass, C. h. r. i. s. t. o. p. h. e. r. K. PY - 2015 DA - 2015// TI - The selection and function of cell type-specific enhancers JO - Nature Reviews Molecular Cell Biology VL - 16 UR - https://doi.org/10.1038/nrm3949 DO - 10.1038/nrm3949 ID - Heinz2015 ER - TY - JOUR AU - Raab, J. e. s. s. e. R. AU - Resnick, S. a. m. u. e. l. AU - Magnuson, T. e. r. r. y. PY - 2015 DA - 2015// TI - Genome-Wide Transcriptional Regulation Mediated by Biochemically Distinct SWI/SNF Complexes JO - PLOS Genetics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1005748 DO - 10.1371/journal.pgen.1005748 ID - Raab2015 ER - TY - JOUR AU - Shema-Yaacoby, E. f. r. a. t. AU - Nikolov, M. i. r. o. s. l. a. v. AU - Haj-Yahya, M. a. h. m. o. o. d. AU - Siman, P. e. t. e. r. AU - Allemand, E. r. i. c. AU - Yamaguchi, Y. u. k. i. AU - Muchardt, C. h. r. i. s. t. i. a. n. AU - Urlaub, H. e. n. n. i. n. g. AU - Brik, A. s. h. r. a. f. AU - Oren, M. o. s. h. e. AU - Fischle, W. o. l. f. g. a. n. g. PY - 2013 DA - 2013// TI - Systematic Identification of Proteins Binding to Chromatin-Embedded Ubiquitylated H2B Reveals Recruitment of SWI/SNF to Regulate Transcription JO - Cell Reports VL - 4 UR - https://doi.org/10.1016/j.celrep.2013.07.014 DO - 10.1016/j.celrep.2013.07.014 ID - Shema-Yaacoby2013 ER - TY - STD TI - Wiegand KC, Shah SP, Al-Agha OM, Zhao Y, Tse K, Zeng T, et al. ARID1A mutations in endometriosis-associated ovarian carcinomas. N Engl J Med. 2010;363. ID - ref36 ER - TY - JOUR AU - Jones, S. i. â. n. AU - Li, M. e. n. g. AU - Parsons, D. W. i. l. l. i. a. m. s. AU - Zhang, X. i. a. o. s. o. n. g. AU - Wesseling, J. e. l. l. e. AU - Kristel, P. e. t. r. a. AU - Schmidt, M. a. r. j. a. n. k. a. K. AU - Markowitz, S. a. n. f. o. r. d. AU - Yan, H. a. i. AU - Bigner, D. a. r. e. l. l. AU - Hruban, R. a. l. p. h. H. AU - Eshleman, J. a. m. e. s. R. AU - Iacobuzio-Donahue, C. h. r. i. s. t. i. n. e. A. AU - Goggins, M. i. c. h. a. e. l. AU - Maitra, A. n. i. r. b. a. n. AU - Malek, S. a. m. i. N. AU - Powell, S. t. e. v. e. AU - Vogelstein, B. e. r. t. AU - Kinzler, K. e. n. n. e. t. h. W. AU - Velculescu, V. i. c. t. o. r. E. AU - Papadopoulos, N. i. c. k. o. l. a. s. PY - 2011 DA - 2011// TI - Somatic mutations in the chromatin remodeling gene ARID1A occur in several tumor types JO - Human Mutation VL - 33 UR - https://doi.org/10.1002/humu.21633 DO - 10.1002/humu.21633 ID - Jones2011 ER - TY - JOUR AU - Wang, X. i. a. o. m. e. i. AU - Nagl, N. o. r. m. a. n. G. AU - Flowers, S. t. e. p. h. e. n. AU - Zweitzig, D. a. n. i. e. l. AU - Dallas, P. e. t. e. r. B. AU - Moran, E. l. i. z. a. b. e. t. h. PY - 2004 DA - 2004// TI - Expression of p270(ARID1A), a component of human SWI/SNF complexes, in human tumors JO - International Journal of Cancer VL - 112 UR - https://doi.org/10.1002/ijc.20450 DO - 10.1002/ijc.20450 ID - Wang2004 ER - TY - STD TI - MORPHEUS, https://software.broadinstitute.org/morpheus. UR - https://software.broadinstitute.org/morpheus ID - ref39 ER - TY - JOUR AU - Toyoda, H. i. t. o. s. h. i. AU - Komurasaki, T. o. s. h. i. AU - Uchida, D. a. i. s. u. k. e. AU - Takayama, Y. a. s. u. k. o. AU - Isobe, T. o. s. h. i. a. k. i. AU - Okuyama, T. u. n. e. o. AU - Hanada, K. a. z. u. n. o. r. i. PY - 1995 DA - 1995// TI - Epiregulin JO - Journal of Biological Chemistry VL - 270 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.270.13.7495 DO - 10.1074/jbc.270.13.7495 ID - Toyoda1995 ER - TY - STD TI - Kuramochi H, Nakajima G, Kaneko Y, Nakamura A, Inoue Y, Yamamoto M. Amphiregulin and Epiregulin mRNA expression in primary colorectal cancer and corresponding liver metastases. BMC Cancer. 2012;12:88. ID - ref41 ER - TY - STD TI - Morrow JJ, Bayles I, Funnell APW, Miller TE, Saiakhova A, Lizardo MM, et al. Positively selected enhancer elements endow osteosarcoma cells with metastatic competence. Nat Med. 2018;24(2):176-85. ID - ref42 ER - TY - JOUR AU - Sugiyama, M. a. s. a. k. a. z. u. AU - Oki, E. i. j. i. AU - Nakaji, Y. u. AU - Tsutsumi, S. a. t. o. s. h. i. AU - Ono, N. a. o. m. i. AU - Nakanishi, R. y. o. t. a. AU - Sugiyama, M. a. s. a. h. i. k. o. AU - Nakashima, Y. u. i. c. h. i. r. o. AU - Sonoda, H. i. d. e. t. o. AU - Ohgaki, K. i. p. p. e. i. AU - Yamashita, N. a. m. i. AU - Saeki, H. i. r. o. s. h. i. AU - Okano, S. h. i. n. j. i. AU - Kitao, H. i. r. o. y. u. k. i. AU - Morita, M. a. s. a. r. u. AU - Oda, Y. o. s. h. i. n. a. o. AU - Maehara, Y. o. s. h. i. h. i. k. o. PY - 2016 DA - 2016// TI - High expression of the Notch ligand Jagged-1 is associated with poor prognosis after surgery for colorectal cancer JO - Cancer Science VL - 107 UR - https://doi.org/10.1111/cas.13075 DO - 10.1111/cas.13075 ID - Sugiyama2016 ER - TY - STD TI - Rouillard AD, Monteiro CD, Gundersen GW, McDermott MG, Fernandez NF, Wang Z, et al. The harmonizome: a collection of processed datasets gathered to serve and mine knowledge about genes and proteins. Database (Oxford). 2016. ID - ref44 ER - TY - JOUR AU - Zirkel, A. n. n. e. AU - Nikolic, M. i. l. o. s. AU - Sofiadis, K. o. n. s. t. a. n. t. i. n. o. s. AU - Mallm, J. a. n. -. P. h. i. l. i. p. p. AU - Brackley, C. h. r. i. s. A. AU - Gothe, H. e. n. r. i. k. e. AU - Drechsel, O. l. i. v. e. r. AU - Becker, C. h. r. i. s. t. i. a. n. AU - Altmüller, J. a. n. i. n. e. AU - Josipovic, N. a. t. a. s. a. AU - Georgomanolis, T. h. e. o. d. o. r. e. AU - Brant, L. i. l. i. j. a. AU - Franzen, J. u. l. i. a. AU - Koker, M. i. r. j. a. m. AU - Gusmao, E. d. u. a. r. d. o. G. AU - Costa, I. v. a. n. G. AU - Ullrich, R. o. l. a. n. d. T. AU - Wagner, W. o. l. f. g. a. n. g. AU - Roukos, V. a. s. s. i. l. i. s. AU - Nürnberg, P. e. t. e. r. AU - Marenduzzo, D. a. v. i. d. e. AU - Rippe, K. a. r. s. t. e. n. AU - Papantonis, A. r. g. y. r. i. s. PY - 2018 DA - 2018// TI - HMGB2 Loss upon Senescence Entry Disrupts Genomic Organization and Induces CTCF Clustering across Cell Types JO - Molecular Cell VL - 70 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2018.03.030 DO - 10.1016/j.molcel.2018.03.030 ID - Zirkel2018 ER - TY - JOUR AU - Trizzino, M. a. r. c. o. AU - Barbieri, E. l. i. s. a. AU - Petracovici, A. n. a. AU - Wu, S. h. u. a. i. AU - Welsh, S. a. r. a. h. A. AU - Owens, T. o. r. i. A. AU - Licciulli, S. i. l. v. i. a. AU - Zhang, R. u. g. a. n. g. AU - Gardini, A. l. e. s. s. a. n. d. r. o. PY - 2018 DA - 2018// TI - The Tumor Suppressor ARID1A Controls Global Transcription via Pausing of RNA Polymerase II JO - Cell Reports VL - 23 UR - https://doi.org/10.1016/j.celrep.2018.05.097 DO - 10.1016/j.celrep.2018.05.097 ID - Trizzino2018 ER - TY - STD TI - Kelso TWR, Porter DK, Amaral ML, Shokhirev MN, Benner C, Hargreaves DC. Chromatin accessibility underlies synthetic lethality of SWI/SNF subunits in ARID1A-mutant cancers. elife. 2017;6. ID - ref47 ER - TY - JOUR AU - Zhai, Y. a. l. i. AU - Kuick, R. o. r. k. AU - Tipton, C. o. u. r. t. n. e. y. AU - Wu, R. o. n. g. AU - Sessine, M. i. c. h. a. e. l. AU - Wang, Z. h. o. n. g. AU - Baker, S. u. z. a. n. n. e. J. AU - Fearon, E. r. i. c. R. AU - Cho, K. a. t. h. l. e. e. n. R. PY - 2015 DA - 2015// TI - Arid1ainactivation in anApc- andPten-defective mouse ovarian cancer model enhances epithelial differentiation and prolongs survival JO - The Journal of Pathology VL - 238 UR - https://doi.org/10.1002/path.4599 DO - 10.1002/path.4599 ID - Zhai2015 ER - TY - STD TI - Sun X, Wang SC, Wei Y, Yopp AC, Singal AG, Zhu H. Tumor Suppressor Functions in Liver Cancer Article Arid1a has context-dependent ncogenic and tumor suppressor functions in liver cancer. Cancer Cell2017;32. ID - ref49 ER - TY - JOUR AU - Holik, A. l. i. a. k. s. e. i. Z. AU - Young, M. a. d. e. l. e. i. n. e. AU - Krzystyniak, J. o. a. n. n. a. AU - Williams, G. e. r. a. i. n. t. T. AU - Metzger, D. a. n. i. e. l. AU - Shorning, B. o. r. i. s. Y. AU - Clarke, A. l. a. n. R. PY - 2014 DA - 2014// TI - Brg1 Loss Attenuates Aberrant Wnt-Signalling and Prevents Wnt-Dependent Tumourigenesis in the Murine Small Intestine JO - PLoS Genetics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1004453 DO - 10.1371/journal.pgen.1004453 ID - Holik2014 ER - TY - JOUR AU - Bitler, B. e. n. j. a. m. i. n. G. AU - Aird, K. a. t. h. e. r. i. n. e. M. AU - Garipov, A. z. a. t. AU - Li, H. u. a. AU - Amatangelo, M. i. c. h. a. e. l. AU - Kossenkov, A. n. d. r. e. w. V. AU - Schultz, D. a. v. i. d. C. AU - Liu, Q. i. n. AU - Shih, I. e. -. M. i. n. g. AU - Conejo-Garcia, J. o. s. e. R. AU - Speicher, D. a. v. i. d. W. AU - Zhang, R. u. g. a. n. g. PY - 2015 DA - 2015// TI - Synthetic lethality by targeting EZH2 methyltransferase activity in ARID1A-mutated cancers JO - Nature Medicine VL - 21 UR - https://doi.org/10.1038/nm.3799 DO - 10.1038/nm.3799 ID - Bitler2015 ER - TY - STD TI - Kwan SY, Cheng X, Tsang YTM, Choi J-S, Kwan S-Y, Izaguirre DI, et al. Loss of ARID1A expression leads to sensitivity to ROS-inducing agent elesclomol in gynecologic cancer cells. Oncotarget. 2016;7. ID - ref52 ER - TY - JOUR AU - Bitler, B. e. n. j. a. m. i. n. G. AU - Wu, S. h. u. a. i. AU - Park, P. y. o. u. n. g. H. w. a. AU - Hai, Y. a. n. g. AU - Aird, K. a. t. h. e. r. i. n. e. M. AU - Wang, Y. e. m. i. n. AU - Zhai, Y. a. l. i. AU - Kossenkov, A. n. d. r. e. w. V. AU - Vara-Ailor, A. n. a. AU - Rauscher III, F. r. a. n. k. J. AU - Zou, W. e. i. p. i. n. g. AU - Speicher, D. a. v. i. d. W. AU - Huntsman, D. a. v. i. d.  . G. AU - Conejo-Garcia, J. o. s. e. R. AU - Cho, K. a. t. h. l. e. e. n. R. AU - Christianson, D. a. v. i. d. W. AU - Zhang, R. u. g. a. n. g. PY - 2017 DA - 2017// TI - ARID1A-mutated ovarian cancers depend on HDAC6 activity JO - Nature Cell Biology VL - 19 UR - https://doi.org/10.1038/ncb3582 DO - 10.1038/ncb3582 ID - Bitler2017 ER - TY - STD TI - Samartzis EP, Gutsche K, Dedes KJ, Fink D, Stucki M, Imesch P. Loss of ARID1A expression sensitizes cancer cells to PI3K- and AKT-inhibition. Oncotarget. 2014;5. ID - ref54 ER - TY - JOUR AU - Michel, B. r. i. t. t. a. n. y. C. AU - D’Avino, A. n. d. r. e. w. R. AU - Cassel, S. e. t. h. H. AU - Mashtalir, N. a. z. a. r. AU - McKenzie, Z. a. c. h. a. r. y. M. AU - McBride, M. a. t. t. h. e. w. J. AU - Valencia, A. l. f. r. e. d. o. M. AU - Zhou, Q. i. a. n. h. e. AU - Bocker, M. i. c. h. a. e. l. AU - Soares, L. u. i. s. M. M. AU - Pan, J. o. s. h. u. a. AU - Remillard, D. a. v. i. d. I. AU - Lareau, C. a. l. e. b. A. AU - Zullow, H. a. y. l. e. y. J. AU - Fortoul, N. o. r. a. AU - Gray, N. a. t. h. a. n. a. e. l. S. AU - Bradner, J. a. m. e. s. E. AU - Chan, H. o. M. a. n. AU - Kadoch, C. i. g. a. l. l. PY - 2018 DA - 2018// TI - A non-canonical SWI/SNF complex is a synthetic lethal target in cancers driven by BAF complex perturbation JO - Nature Cell Biology VL - 20 UR - https://doi.org/10.1038/s41556-018-0221-1 DO - 10.1038/s41556-018-0221-1 ID - Michel2018 ER - TY - JOUR AU - Tian, B. AU - Zhao, Y. AU - Kalita, M. AU - Edeh, C. B. AU - Paessler, S. AU - Casola, A. AU - Teng, M. N. AU - Garofalo, R. P. AU - Brasier, A. R. PY - 2013 DA - 2013// TI - CDK9-Dependent Transcriptional Elongation in the Innate Interferon-Stimulated Gene Response to Respiratory Syncytial Virus Infection in Airway Epithelial Cells JO - Journal of Virology VL - 87 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.03399-12 DO - 10.1128/JVI.03399-12 ID - Tian2013 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. e. n. AU - Salzberg, S. t. e. v. e. n. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Fast gapped-read alignment with Bowtie 2 JO - Nature Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1923 DO - 10.1038/nmeth.1923 ID - Langmead2012 ER - TY - JOUR AU - Trapnell, C. o. l. e. AU - Roberts, A. d. a. m. AU - Goff, L. o. y. a. l. AU - Pertea, G. e. o. AU - Kim, D. a. e. h. w. a. n. AU - Kelley, D. a. v. i. d. R. AU - Pimentel, H. a. r. o. l. d. AU - Salzberg, S. t. e. v. e. n. L. AU - Rinn, J. o. h. n. L. AU - Pachter, L. i. o. r. PY - 2012 DA - 2012// TI - Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks JO - Nature Protocols VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2012.016 DO - 10.1038/nprot.2012.016 ID - Trapnell2012 ER - TY - STD TI - Li H, Handsaker B, Wysoker A, Fennell T, Ruan J, Homer N, et al. The sequence alignment/map format and SAMtools. Bioinformatics. 2009;(16). ID - ref59 ER - TY - JOUR AU - Ramírez, F. i. d. e. l. AU - Ryan, D. e. v. o. n. P. AU - Grüning, B. j. ö. r. n. AU - Bhardwaj, V. i. v. e. k. AU - Kilpert, F. a. b. i. a. n. AU - Richter, A. n. d. r. e. a. s. S. AU - Heyne, S. t. e. f. f. e. n. AU - Dündar, F. r. i. e. d. e. r. i. k. e. AU - Manke, T. h. o. m. a. s. PY - 2016 DA - 2016// TI - deepTools2: a next generation web server for deep-sequencing data analysis JO - Nucleic Acids Research VL - 44 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkw257 DO - 10.1093/nar/gkw257 ID - Ramírez2016 ER - TY - JOUR AU - Robinson, J. a. m. e. s. T. AU - Thorvaldsdóttir, H. e. l. g. a. AU - Winckler, W. e. n. d. y. AU - Guttman, M. i. t. c. h. e. l. l. AU - Lander, E. r. i. c. S. AU - Getz, G. a. d. AU - Mesirov, J. i. l. l. P. PY - 2011 DA - 2011// TI - Integrative genomics viewer JO - Nature Biotechnology VL - 29 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1754 DO - 10.1038/nbt.1754 ID - Robinson2011 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Y. o. n. g. AU - Liu, T. a. o. AU - Meyer, C. l. i. f. f. o. r. d. A. AU - Eeckhoute, J. é. r. ô. m. e. AU - Johnson, D. a. v. i. d. S. AU - Bernstein, B. r. a. d. l. e. y. E. AU - Nussbaum, C. h. a. d. AU - Myers, R. i. c. h. a. r. d. M. AU - Brown, M. y. l. e. s. AU - Li, W. e. i. AU - Liu, X. S. h. i. r. l. e. y. PY - 2008 DA - 2008// TI - Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS) JO - Genome Biology VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2008-9-9-r137 DO - 10.1186/gb-2008-9-9-r137 ID - Zhang2008 ER - TY - STD TI - Subramanian A, Tamayo P, Mootha VK, Mukherjee S, Ebert BL. Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide. Proc Natl Acad Sci. 2005;102(43):15545-50. ID - ref63 ER - TY - JOUR AU - Mootha, V. a. m. s. i. K. AU - Lindgren, C. e. c. i. l. i. a. M. AU - Eriksson, K. a. r. l. -. F. r. e. d. r. i. k. AU - Subramanian, A. r. a. v. i. n. d. AU - Sihag, S. m. i. t. a. AU - Lehar, J. o. s. e. p. h. AU - Puigserver, P. e. r. e. AU - Carlsson, E. m. m. a. AU - Ridderstråle, M. a. r. t. i. n. AU - Laurila, E. s. a. AU - Houstis, N. i. c. h. o. l. a. s. AU - Daly, M. a. r. k. J. AU - Patterson, N. i. c. k. AU - Mesirov, J. i. l. l. P. AU - Golub, T. o. d. d. R. AU - Tamayo, P. a. b. l. o. AU - Spiegelman, B. r. u. c. e. AU - Lander, E. r. i. c. S. AU - Hirschhorn, J. o. e. l. N. AU - Altshuler, D. a. v. i. d. AU - Groop, L. e. i. f. C. PY - 2003 DA - 2003// TI - PGC-1α-responsive genes involved in oxidative phosphorylation are coordinately downregulated in human diabetes JO - Nature Genetics VL - 34 UR - https://doi.org/10.1038/ng1180 DO - 10.1038/ng1180 ID - Mootha2003 ER - TY - JOUR AU - Kuleshov, M. a. x. i. m. V. AU - Jones, M. a. t. t. h. e. w. R. AU - Rouillard, A. n. d. r. e. w. D. AU - Fernandez, N. i. c. o. l. a. s. F. AU - Duan, Q. i. a. o. n. a. n. AU - Wang, Z. i. c. h. e. n. AU - Koplev, S. i. m. o. n. AU - Jenkins, S. h. e. r. r. y. L. AU - Jagodnik, K. a. t. h. l. e. e. n. M. AU - Lachmann, A. l. e. x. a. n. d. e. r. AU - McDermott, M. i. c. h. a. e. l. G. AU - Monteiro, C. a. r. o. l. i. n. e. D. AU - Gundersen, G. r. e. g. o. r. y. W. AU - Ma'ayan, A. v. i. PY - 2016 DA - 2016// TI - Enrichr: a comprehensive gene set enrichment analysis web server 2016 update JO - Nucleic Acids Research VL - 44 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkw377 DO - 10.1093/nar/gkw377 ID - Kuleshov2016 ER - TY - STD TI - Chen EY, Tan CM, Kou Y, Duan Q, Wang Z, Meirelles GV, et al. Enrichr: interactive and collaborative HTML5 gene list enrichment analysis tool. BMC BIoinformatics. 2013. ID - ref66 ER - TY - JOUR AU - Heinz, S. v. e. n. AU - Benner, C. h. r. i. s. t. o. p. h. e. r. AU - Spann, N. a. t. h. a. n. a. e. l. AU - Bertolino, E. r. i. c. AU - Lin, Y. i. n. C. AU - Laslo, P. e. t. e. r. AU - Cheng, J. a. s. o. n. X. AU - Murre, C. o. r. n. e. l. i. s. AU - Singh, H. a. r. i. n. d. e. r. AU - Glass, C. h. r. i. s. t. o. p. h. e. r. K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Simple Combinations of Lineage-Determining Transcription Factors Prime cis-Regulatory Elements Required for Macrophage and B Cell Identities JO - Molecular Cell VL - 38 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2010.05.004 DO - 10.1016/j.molcel.2010.05.004 ID - Heinz2010 ER - TY - JOUR AU - McLean, C. o. r. y. Y. AU - Bristor, D. a. v. e. AU - Hiller, M. i. c. h. a. e. l. AU - Clarke, S. h. o. a. L. AU - Schaar, B. r. u. c. e. T. AU - Lowe, C. r. a. i. g. B. AU - Wenger, A. a. r. o. n. M. AU - Bejerano, G. i. l. l. PY - 2010 DA - 2010// TI - GREAT improves functional interpretation of cis-regulatory regions JO - Nature Biotechnology VL - 28 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1630 DO - 10.1038/nbt.1630 ID - McLean2010 ER - TY - JOUR AU - Chèneby, J. e. a. n. n. e. AU - Gheorghe, M. a. r. i. u. s. AU - Artufel, M. a. r. i. e. AU - Mathelier, A. n. t. h. o. n. y. AU - Ballester, B. e. n. o. i. t. PY - 2017 DA - 2017// TI - ReMap 2018: an updated atlas of regulatory regions from an integrative analysis of DNA-binding ChIP-seq experiments JO - Nucleic Acids Research VL - 46 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkx1092 DO - 10.1093/nar/gkx1092 ID - Chèneby2017 ER - TY - STD TI - Ramírez F, Bhardwaj V, Arrigoni L, Lam KC, Grüning BA, Villaveces J, et al. High-resolution TADs reveal sequences. ID - ref70 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324 DO - 10.1093/bioinformatics/btp324 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Chu, T. i. n. y. i. AU - Rice, E. d. w. a. r. d. J. AU - Booth, G. r. e. g. o. r. y. T. AU - Salamanca, H. H. a. n. s. AU - Wang, Z. h. o. n. g. AU - Core, L. e. i. g. h. t. o. n. J. AU - Longo, S. h. a. r. o. n. L. AU - Corona, R. o. b. e. r. t. J. AU - Chin, L. a. w. r. e. n. c. e. S. AU - Lis, J. o. h. n. T. AU - Kwak, H. o. j. o. o. n. g. AU - Danko, C. h. a. r. l. e. s. G. PY - 2018 DA - 2018// TI - Chromatin run-on and sequencing maps the transcriptional regulatory landscape of glioblastoma multiforme JO - Nature Genetics VL - 50 UR - https://doi.org/10.1038/s41588-018-0244-3 DO - 10.1038/s41588-018-0244-3 ID - Chu2018 ER - TY - STD TI - Gertz J, Savic D, Varley KE, Partridge EC, Safi A, Jain P, et al. Distinct properties of cell-type-specific and shared transcription factor binding sites. Mol Cell. 2013;52. ID - ref73 ER - TY - STD TI - Rao SSP, Huang S-C, Glenn St Hilaire B, Engreitz JM, Perez EM, Kieffer-Kwon KR, et al. Cohesin loss eliminates all loop domains. Cell. 2017:171. ID - ref74 ER - TY - JOUR AU - Ran, F. A. n. n. AU - Hsu, P. a. t. r. i. c. k. D. AU - Wright, J. a. s. o. n. AU - Agarwala, V. i. n. e. e. t. a. AU - Scott, D. a. v. i. d. A. AU - Zhang, F. e. n. g. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genome engineering using the CRISPR-Cas9 system JO - Nature Protocols VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2013.143 DO - 10.1038/nprot.2013.143 ID - Ran2013 ER -