TY - JOUR AU - Qiu, W. AU - Baccarelli, A. AU - Carey, V. J. AU - Boutaoui, N. AU - Bacherman, H. AU - Klanderman, B. AU - Rennard, S. AU - Agusti, A. AU - Anderson, W. AU - Lomas, D. A. AU - DeMeo, D. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Variable DNA methylation is associated with chronic obstructive pulmonary disease and lung function JO - Am J Respir Crit Care Med VL - 185 UR - https://doi.org/10.1164/rccm.201108-1382OC DO - 10.1164/rccm.201108-1382OC ID - Qiu2012 ER - TY - JOUR AU - Yoo, S. AU - Takikawa, S. AU - Geraghty, P. AU - Argmann, C. AU - Campbell, J. AU - Lin, L. AU - Huang, T. AU - Tu, Z. AU - Foronjy, R. F. AU - Spira, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Integrative analysis of DNA methylation and gene expression data identifies EPAS1 as a key regulator of COPD JO - PLoS Genet VL - 11 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1004898 DO - 10.1371/journal.pgen.1004898 ID - Yoo2015 ER - TY - JOUR AU - Sood, A. AU - Petersen, H. AU - Blanchette, C. M. AU - Meek, P. AU - Picchi, M. A. AU - Belinsky, S. A. AU - Tesfaigzi, Y. PY - 2010 DA - 2010// TI - Wood smoke exposure and gene promoter methylation are associated with increased risk for COPD in smokers JO - Am J Respir Crit Care Med VL - 182 UR - https://doi.org/10.1164/rccm.201002-0222OC DO - 10.1164/rccm.201002-0222OC ID - Sood2010 ER - TY - JOUR AU - Vucic, E. A. AU - Chari, R. AU - Thu, K. L. AU - Wilson, I. M. AU - Cotton, A. M. AU - Kennett, J. Y. AU - Zhang, M. AU - Lonergan, K. M. AU - Steiling, K. AU - Brown, C. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - DNA methylation is globally disrupted and associated with expression changes in chronic obstructive pulmonary disease small airways JO - Am J Respir Cell Mol Biol VL - 50 UR - https://doi.org/10.1165/rcmb.2013-0304OC DO - 10.1165/rcmb.2013-0304OC ID - Vucic2014 ER - TY - JOUR AU - Repapi, E. AU - Sayers, I. AU - Wain, L. V. AU - Burton, P. R. AU - Johnson, T. AU - Obeidat, M. AU - Zhao, J. H. AU - Ramasamy, A. AU - Zhai, G. AU - Vitart, V. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genome-wide association study identifies five loci associated with lung function JO - Nat Genet VL - 42 UR - https://doi.org/10.1038/ng.501 DO - 10.1038/ng.501 ID - Repapi2010 ER - TY - JOUR AU - Hancock, D. B. AU - Eijgelsheim, M. AU - Wilk, J. B. AU - Gharib, S. A. AU - Loehr, L. R. AU - Marciante, K. D. AU - Franceschini, N. AU - van Durme, Y. M. AU - Chen, T. H. AU - Barr, R. G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Meta-analyses of genome-wide association studies identify multiple loci associated with pulmonary function JO - Nat Genet VL - 42 UR - https://doi.org/10.1038/ng.500 DO - 10.1038/ng.500 ID - Hancock2010 ER - TY - JOUR AU - Lambrechts, D. AU - Buysschaert, I. AU - Zanen, P. AU - Coolen, J. AU - Lays, N. AU - Cuppens, H. AU - Groen, H. J. AU - Dewever, W. AU - van Klaveren, R. J. AU - Verschakelen, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - The 15q24/25 susceptibility variant for lung cancer and chronic obstructive pulmonary disease is associated with emphysema JO - Am J Respir Crit Care Med VL - 181 UR - https://doi.org/10.1164/rccm.200909-1364OC DO - 10.1164/rccm.200909-1364OC ID - Lambrechts2010 ER - TY - JOUR AU - Young, R. P. AU - Hopkins, R. J. AU - Hay, B. A. AU - Epton, M. J. AU - Black, P. N. AU - Gamble, G. D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Lung cancer gene associated with COPD: triple whammy or possible confounding effect? JO - Eur Respir J VL - 32 UR - https://doi.org/10.1183/09031936.00093908 DO - 10.1183/09031936.00093908 ID - Young2008 ER - TY - JOUR AU - Young, R. P. AU - Hopkins, R. J. AU - Whittington, C. F. AU - Hay, B. A. AU - Epton, M. J. AU - Gamble, G. D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Individual and cumulative effects of GWAS susceptibility loci in lung cancer: associations after sub-phenotyping for COPD JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0016476 DO - 10.1371/journal.pone.0016476 ID - Young2011 ER - TY - JOUR AU - Young, R. P. AU - Whittington, C. F. AU - Hopkins, R. J. AU - Hay, B. A. AU - Epton, M. J. AU - Black, P. N. AU - Gamble, G. D. PY - 2010 DA - 2010// TI - Chromosome 4q31 locus in COPD is also associated with lung cancer JO - Eur Respir J VL - 36 UR - https://doi.org/10.1183/09031936.00033310 DO - 10.1183/09031936.00033310 ID - Young2010 ER - TY - JOUR AU - Van Durme, Y. M. AU - Eijgelsheim, M. AU - Joos, G. F. AU - Hofman, A. AU - Uitterlinden, A. G. AU - Brusselle, G. G. AU - Stricker, B. H. PY - 2010 DA - 2010// TI - Hedgehog-interacting protein is a COPD susceptibility gene: the Rotterdam Study JO - Eur Respir J VL - 36 UR - https://doi.org/10.1183/09031936.00129509 DO - 10.1183/09031936.00129509 ID - Van Durme2010 ER - TY - JOUR AU - Chappell, S. L. AU - Daly, L. AU - Lotya, J. AU - Alsaegh, A. AU - Guetta-Baranes, T. AU - Roca, J. AU - Rabinovich, R. AU - Morgan, K. AU - Millar, A. B. AU - Donnelly, S. C. PY - 2011 DA - 2011// TI - The role of IREB2 and transforming growth factor beta-1 genetic variants in COPD: a replication case-control study JO - BMC Med Genet VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2350-12-24 DO - 10.1186/1471-2350-12-24 ID - Chappell2011 ER - TY - JOUR AU - Sundar, I. K. AU - Yin, Q. AU - Baier, B. S. AU - Yan, L. AU - Mazur, W. AU - Li, D. AU - Susiarjo, M. AU - Rahman, I. PY - 2017 DA - 2017// TI - DNA methylation profiling in peripheral lung tissues of smokers and patients with COPD JO - Clin Epigenetics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/s13148-017-0335-5 DO - 10.1186/s13148-017-0335-5 ID - Sundar2017 ER - TY - STD TI - Morrow JD, Cho MH, Hersh CP, Pinto-Plata V, Celli B, Marchetti N, Criner G, Bueno R, Washko G, Glass K, et al. DNA methylation profiling in human lung tissue identifies genes associated with COPD. Epigenetics. 2016;11(10):730–39. ID - ref14 ER - TY - JOUR AU - Phan, S. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Biology of fibroblasts and myofibroblasts JO - Proc Am Thorac Soc VL - 5 UR - https://doi.org/10.1513/pats.200708-146DR DO - 10.1513/pats.200708-146DR ID - Phan2008 ER - TY - JOUR AU - Brandsma, C. A. AU - Timens, W. AU - Jonker, M. R. AU - Rutgers, B. AU - Noordhoek, J. A. AU - Postma, D. S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Differential effects of fluticasone on extracellular matrix production by airway and parenchymal fibroblasts in severe COPD JO - Am J Physiol Lung Cell Mol Physiol VL - 305 UR - https://doi.org/10.1152/ajplung.00152.2013 DO - 10.1152/ajplung.00152.2013 ID - Brandsma2013 ER - TY - JOUR AU - Hallgren, O. AU - Nihlberg, K. AU - Dahlback, M. AU - Bjermer, L. AU - Eriksson, L. T. AU - Erjefalt, J. S. AU - Lofdahl, C. G. AU - Westergren-Thorsson, G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Altered fibroblast proteoglycan production in COPD JO - Respir Res VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1465-9921-11-55 DO - 10.1186/1465-9921-11-55 ID - Hallgren2010 ER - TY - JOUR AU - Dessalle, K. AU - Narayanan, V. AU - Kyoh, S. AU - Mogas, A. AU - Halayko, A. J. AU - Nair, P. AU - Baglole, C. J. AU - Eidelman, D. H. AU - Ludwig, M. S. AU - Hamid, Q. PY - 2016 DA - 2016// TI - Human bronchial and parenchymal fibroblasts display differences in basal inflammatory phenotype and response to IL-17A JO - Clin Exp Allergy VL - 46 UR - https://doi.org/10.1111/cea.12744 DO - 10.1111/cea.12744 ID - Dessalle2016 ER - TY - JOUR AU - Togo, S. AU - Holz, O. AU - Liu, X. AU - Sugiura, H. AU - Kamio, K. AU - Wang, X. AU - Kawasaki, S. AU - Ahn, Y. AU - Fredriksson, K. AU - Skold, C. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Lung fibroblast repair functions in patients with chronic obstructive pulmonary disease are altered by multiple mechanisms JO - Am J Respir Crit Care Med VL - 178 UR - https://doi.org/10.1164/rccm.200706-929OC DO - 10.1164/rccm.200706-929OC ID - Togo2008 ER - TY - JOUR AU - Campbell, J. D. AU - McDonough, J. E. AU - Zeskind, J. E. AU - Hackett, T. L. AU - Pechkovsky, D. V. AU - Brandsma, C. A. AU - Suzuki, M. AU - Gosselink, J. V. AU - Liu, G. AU - Alekseyev, Y. O. PY - 2012 DA - 2012// TI - A gene expression signature of emphysema-related lung destruction and its reversal by the tripeptide GHK JO - Genome Med VL - 4 ID - Campbell2012 ER - TY - JOUR AU - Zhang, J. AU - Wu, L. AU - Qu, J. M. AU - Bai, C. X. AU - Merrilees, M. J. AU - Black, P. N. PY - 2012 DA - 2012// TI - Pro-inflammatory phenotype of COPD fibroblasts not compatible with repair in COPD lung JO - J Cell Mol Med VL - 16 UR - https://doi.org/10.1111/j.1582-4934.2011.01492.x DO - 10.1111/j.1582-4934.2011.01492.x ID - Zhang2012 ER - TY - JOUR AU - Pechkovsky, D. V. AU - Hackett, T. L. AU - An, S. S. AU - Shaheen, F. AU - Murray, L. A. AU - Knight, D. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Human lung parenchyma but not proximal bronchi produces fibroblasts with enhanced TGF-beta signaling and alpha-SMA expression JO - Am J Respir Cell Mol Biol VL - 43 UR - https://doi.org/10.1165/rcmb.2009-0318OC DO - 10.1165/rcmb.2009-0318OC ID - Pechkovsky2010 ER - TY - JOUR AU - Noordhoek, J. A. AU - Postma, D. S. AU - Chong, L. L. AU - Menkema, L. AU - Kauffman, H. F. AU - Timens, W. AU - van Straaten, J. F. AU - van der Geld, Y. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Different modulation of decorin production by lung fibroblasts from patients with mild and severe emphysema JO - COPD VL - 2 UR - https://doi.org/10.1081/COPD-200050678 DO - 10.1081/COPD-200050678 ID - Noordhoek2005 ER - TY - JOUR AU - Aryee, M. J. AU - Jaffe, A. E. AU - Corrada-Bravo, H. AU - Ladd-Acosta, C. AU - Feinberg, A. P. AU - Hansen, K. D. AU - Irizarry, R. A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Minfi: a flexible and comprehensive Bioconductor package for the analysis of Infinium DNA methylation microarrays JO - Bioinformatics VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu049 DO - 10.1093/bioinformatics/btu049 ID - Aryee2014 ER - TY - JOUR AU - Price, M. E. AU - Cotton, A. M. AU - Lam, L. L. AU - Farre, P. AU - Emberly, E. AU - Brown, C. J. AU - Robinson, W. P. AU - Kobor, M. S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Additional annotation enhances potential for biologically-relevant analysis of the Illumina Infinium HumanMethylation450 BeadChip array JO - Epigenetics Chromatin VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1756-8935-6-4 DO - 10.1186/1756-8935-6-4 ID - Price2013 ER - TY - JOUR AU - Oros Klein, K. AU - Grinek, S. AU - Bernatsky, S. AU - Bouchard, L. AU - Ciampi, A. AU - Colmegna, I. AU - Fortin, J. P. AU - Gao, L. AU - Hivert, M. F. AU - Hudson, M. PY - 2016 DA - 2016// TI - funtooNorm: an R package for normalization of DNA methylation data when there are multiple cell or tissue types JO - Bioinformatics VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv615 DO - 10.1093/bioinformatics/btv615 ID - Oros Klein2016 ER - TY - JOUR AU - Fortin, J. P. AU - Labbe, A. AU - Lemire, M. AU - Zanke, B. W. AU - Hudson, T. J. AU - Fertig, E. J. AU - Greenwood, C. M. AU - Hansen, K. D. PY - 2014 DA - 2014// TI - Functional normalization of 450k methylation array data improves replication in large cancer studies JO - Genome Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-014-0503-2 DO - 10.1186/s13059-014-0503-2 ID - Fortin2014 ER - TY - JOUR AU - Du, P. AU - Zhang, X. AU - Huang, C. C. AU - Jafari, N. AU - Kibbe, W. A. AU - Hou, L. AU - Lin, S. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Comparison of Beta-value and M-value methods for quantifying methylation levels by microarray analysis JO - BMC Bioinformatics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-587 DO - 10.1186/1471-2105-11-587 ID - Du2010 ER - TY - JOUR AU - Ritchie, M. E. AU - Phipson, B. AU - Wu, D. AU - Hu, Y. AU - Law, C. W. AU - Shi, W. AU - Smyth, G. K. PY - 2015 DA - 2015// TI - Limma powers differential expression analyses for RNA-sequencing and microarray studies JO - Nucleic Acids Res VL - 43 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkv007 DO - 10.1093/nar/gkv007 ID - Ritchie2015 ER - TY - STD TI - Benjamini Y, Hochberg Y. Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing. Journal of the Royal Statistical Society Series B (Methodological). 1995:289–300. ID - ref30 ER - TY - JOUR AU - Peters, T. J. AU - Buckley, M. J. AU - Statham, A. L. AU - Pidsley, R. AU - Samaras, K. AU - VL, R. AU - Clark, S. J. AU - Molloy, P. L. PY - 2015 DA - 2015// TI - De novo identification of differentially methylated regions in the human genome JO - Epigenetics Chromatin VL - 8 ID - Peters2015 ER - TY - JOUR AU - Teschendorff, A. E. AU - Gao, Y. AU - Jones, A. AU - Ruebner, M. AU - Beckmann, M. W. AU - Wachter, D. L. AU - Fasching, P. A. AU - Widschwendter, M. PY - 2016 DA - 2016// TI - DNA methylation outliers in normal breast tissue identify field defects that are enriched in cancer JO - Nat Commun VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms10478 DO - 10.1038/ncomms10478 ID - Teschendorff2016 ER - TY - JOUR AU - Paul, D. S. AU - Teschendorff, A. E. AU - Dang, M. A. AU - Lowe, R. AU - Hawa, M. I. AU - Ecker, S. AU - Beyan, H. AU - Cunningham, S. AU - Fouts, A. R. AU - Ramelius, A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Increased DNA methylation variability in type 1 diabetes across three immune effector cell types JO - Nat Commun VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms13555 DO - 10.1038/ncomms13555 ID - Paul2016 ER - TY - JOUR AU - Vink, J. M. AU - Smit, A. B. AU - de Geus, E. J. AU - Sullivan, P. AU - Willemsen, G. AU - Hottenga, J. J. AU - Smit, J. H. AU - Hoogendijk, W. J. AU - Zitman, F. G. AU - Peltonen, L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genome-wide association study of smoking initiation and current smoking JO - Am J Hum Genet VL - 84 UR - https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2009.02.001 DO - 10.1016/j.ajhg.2009.02.001 ID - Vink2009 ER -