Table 1 Primer sequences and PCR conditions
Gene | Forward primer | Reverse primer | Amplicon size (bp) | Annealing temperature (°C) | PCR cycles |
|---|---|---|---|---|---|
ZNF331 U | 5′-TTTTAAGGTAGGATGTTTTTAGGGTTGT-3′ | 5′-ACAACTCTACACAACACAAATAAAACCA-3′ | 147 | 60 | 35 |
ZNF331 M | 5′-TAAGGTAGGACGTTTTTAGGGTCGC-3′ | 5′-AACTCTACACGACGCAAATAAAACCG-3′ | 142 | 60 | 35 |
CANA1G U | 5′-TTTTTTTGTTTTGTGTTTAGGTTTT-3′ | 5′-CCCTCTCAAAACAACTTCACCA-3′ | 71 | 64 | 35 |
CANA1G M | 5′-TCGTTTCGCGTTTAGGTTTC-3′ | 5′-CTCGAAACGACTTCGCCG-3′ | 62 | 64 | 35 |
IGF2 U | 5′-GGAGTGGTTTTGGTGTTGTTATT-3′ | 5′-CCCAACTCAATTTAAACCAACA-3′ | 90 | 66 | 35 |
IGF2 M | 5′-GCGGTTTCGGTGTCGTTATC-3′ | 5′-CCAACTCGATTTAAACCGACG-3′ | 86 | 68 | 30 |
RUNX3 U | 5′-GTTGGTGGATTATGTAGGTGAGTTT-3′ | 5′-ACTCACCTTAAAAACAACAAACAACA-3′ | 115 | 66 | 35 |
RUNX3 M | 5′-GCGGATTACGTAGGCGAGTTC-3′ | 5′-ACCTTAAAAACGACGAACAACG-3′ | 107 | 66 | 35 |
MLH1 U | 5′-TTTTGATGTAGATGTTTTATTAGGGTTGT-3′ | 5′-ACCACCTCATCATAACTACCCACA-3′ | 124 | 60 | 35 |
MLH1 M | 5′-ACGTAGACGTTTTATTAGGGTCGC-3′ | 5′-CCTCATCGTAACTACCCGCG-3′ | 115 | 60 | 35 |
KRAS exon2 | 5′-AAGGTGAGTTTGTATTAAAAGGTACTGG-3′ | 5′-TGGTCCTGCACCAGTAATATGC-3′ | 264 | 58 | 35 |
BRAF- 600E | 5′-TCATAATGCTTGCTCTGATAGGA-3′ | 5′-CTTTCTAGTAACTCAGCAGC-3′ | 251 | 60 | 35 |